Ngày 8 tháng 8 năm 1826 Đại Nam và mạc phủ tokugawa (Nhật) xảy ra chiến tranh. Chỉ trong một tháng ngắn ngủi, quân Nhật đã đánh bại hạm đội Đại Nam ở quần đảo ryukyu và tháng tiếp theo quân Nhật đổ bộ lên các đảo rồi đánh tan quân Đại Nam tại các cứ điểm trên quần đảo ryukyu. Tới ngày 8 tháng 12 năm 1826, cho dù Quần đảo Bành Hồ được đồn trú bởi 15 tiểu đoàn chính quy của Đại Nam (5.000 người) và được bảo vệ bởi đội phòng thủ ven biển xidai mới hoàn thàng, quân Nhật gặp rất ít sự kháng cự trong cuộc đổ bộ vì quân trú phòng đã mất tinh thần. Người Nhật chỉ mất ba ngày để chiếm được quần đảo.
Sau một cuộc bắn phá của hải quân vào các pháo đài của Đại Nam, quân Nhật đổ bộ lên đảo Fisher (Xiyu ngày nay) và đảo Bành Hồ vào ngày 24 tháng 12, tiến hành một số hành động ngắn với quân phòng thủ Đại Nam, chiếm được khẩu đội chủ chốt xidai và chiếm đóng Mã Công. Trong hai ngày tiếp theo, họ chiếm đóng các hòn đảo chính khác của nhóm Quần đảo Bành Hồ. Thương vong trong chiến đấu của quân Nhật là không đáng kể, nhưng một đợt dịch tả bùng phát ngay sau khi quần đảo thất thủ đã giết chết hơn 1.500 người của lực lượng chiếm đóng Nhật. Những người lính đồn trú của Đại Nam bị đánh bại trên Quần đảo Bành Hồ, hầu hết đều chiến đầu tới hơi thở cuối cùng, được người Nhật lập đài tưởng niệm trên đảo chính Bạch Hồ.
Việc Nhật chiếm đóng quần đảo Bành Hồ có ý nghĩa chiến lược đáng kể, tạo gộng kiềm từ hai phìa áp sát Đài Loan. Giai đoạn đầu quân Nhật chiếm Cơ Long, Đài Bắc và Đạm Thủy. Vào ngày 25 tháng 12, những đội quân đầu tiên của bộ binh Nhật đã đổ bộ lên bờ biển phía bắc Đài Loan tại Samtiao Point gần làng Audi (một ngôi làng nhỏ ở Gongliao), vài dặm về phía đông Keelung. Người Nhật ban đầu có ý định đổ bộ vào Tamsui, nhưng nhận thấy thị trấn được phòng thủ vững chắc đã thay đổi kế hoạch của họ vào giây phút cuối cùng. Cuộc đổ bộ đánh dấu sự khởi đầu của cuộc chiến. Trận giao chiến lớn đầu tiên diễn ra vào ngày 26 tháng 12 tại Ruifang. Lực lượng phòng thủ của Trung Quốc đã bị đánh bại.
Vào ngày 3 tháng 1 năm 1827, quân Nhật chiếm được thành phố cảng Keelung. Sau cuộc bắn phá sơ bộ vào hệ thống phòng thủ ven biển của thành phố bởi các tàu chiến của Đại Nam, trung đoàn hỗn hợp đã tấn công pháo đài Keelung từ phía sau. Sau một tháng, quân Nhật đã đánh chiếm đồn trú của pháo đài và chiếm được pháo đài với ít tổn thất và tới chiều ngày 23 tháng 1 năm 1827, Cơ Long bị chiếm đóng.
Quân đôi tại Đài Bắc cũng cố phòng tuyến trước khi quân Nhật tiến vào, quân Nhật cũng chuẩn bị kỹ lưỡng rồi hành quân tiến thẳng tới Đài Bắc vào sáng ngày 23 tháng 1. Bốn ngày sau quân Nhật cũng tới ngoại ô Đài Bắc và cuỗ chiến ác liệt cũng được diễn ran gay sau đó, các đơn vị Nhật cứ nghĩ sẽ chiếm đưỡ Dài Bắc một cách dễ dàng thì quân Nhật vỡ mộng. Quân Đại Nam tại Đài Bắc có vũ khí mạnh hơn và dùng chiến thuật du kích lẫn nhữ mồi lằm việc chiếm Đài Bắc khó khăn hơn họ nghĩ, tướng Nhật tại mặt trận Đài Bắc ra lệnh cho toàn quân:
“Chuyền tin từ ta, toàn quân sĩ có mặt trên đảo phải nhanh chống tập chung chiếm lấy Dài Bắc”.
Hơn một tháng diễn ra giao tranh, quân Nhật cũng đánh phá được phòng tuyến tại Đài Bắc, viên tướng Nhật ngay lập tức ra lệnh tiến quân vào để chiếm thành phố vào rạng sáng ngày 27 tháng 2. Đội quân Nhật đầu tiên tiến vào Đài Bắc và trong những ngày tiếp theo đã dập tắt bạo loạn lẫn tiêu diệt quân Đại Nam còn sót lại. Hầu hết binh lính Đại Nam ở Đài Bắc đều đã tử trận và những vũ khí như sung hay pháo đã bị thiệt hại nặng dù không hư hại thì không còn đạn để sử dụng. Viên tướng đó cầm khẩu sung đó rồi đưa cho viên chỉ huy rồi nói:
“Chúng ta cần giữ lại để nghiên cứu cách vũ khí này hoạt động”.
Viên chỉ huy nhận khẩu súng rồi cúi người đem đi, viên tướng suy nghĩ: ‘sao mình lại có cảm giác việc quân Đại Nam lúc mạnh lúc yếu, rất khó nắm bắt’.
Sau đó không lâu thì quân Nhật cũng chiếm đóng được thị trấn cảng Đạm Thủy ở phía tây bắc Đài Bắc một cách dễ dàng khi gặp rất ít sự kháng cự của quân Đại Nam vào ngày 1 tháng 3 năm 1827. Diễn biến chính trị của quân Nhật tại các vùng đã chiếm chính thức diễn ra vào ngày 4 tháng 3, Đô đốc Nhật đến Đài Bắc và tuyên bố thành lập chính quyền mạc phủ tokugawa tại Đài Loan lẫn quần đảo ryukyu. Với miền bắc Đài Loan hiện nằm dưới sự kiểm soát của họ, người Nhật cũng bắt đầu phân tảng hàng nghìn binh sĩ còn hiện diện trên tại Cơ Long, Đài Bắc và Đạm Thủy ra để cũng cố các phòng tuyến. Các tàu vận chuyển từ Kyoto, Edo (Tokyo) đã chở họ qua eo biển Formosa và cập bến cảng Cơ Long và Đạm Thủy.
Giai đoạn đầu tiên của chiến dịch đã chứng những cuộc chiến vô cùng ác liệt của quân Nhật lên các đảo, sự chiếm đóng của Nhật tại Cơ Long, Đài Bắc và Đạm Thủy và sự chiến đấu vô cùng mãnh liệt của các đơn vị đồn trú của Đại Nam ở miền bắc đảo Đài Loan.